本次清查工作的重点为城乡结合部、占地面积大和用地情况不清楚的单位。新纳入城镇土地使用税征税范围的外商投资企业和外国企业的占地情况，也要进行全面清查。

各级财税部门要与各级国土资源部门联合对在籍建设用地耕地占用税缴纳情况进行一次摸底和清查。国土资源部门应提供在籍建设用地的档案及农用地转用审批文件。对清查中发现的纳税人实际占用土地面积与土地使用证登记面积或批准面积不一致的，财税部门按照实际占用面积征收城镇土地使用税和耕地占用税。

按照通知要求，没有财税部门发放的契税和土地增值税完税凭证或免税凭证，国土资源部门一律不得办理土地登记手续。国土资源部门在发放建设用地批准书之前，申请人必须提供耕地占用税完税或免税凭证，凡不能提供的，不予发放。

在办理手续后，应将完税(或减免税)凭证的一联与有关资料一并归档备查。国土资源部门在对用地情况进行检查和查处土地违法案件中，发现擅自转让(受让)土地使用权的，涉及未提供相关土地增值税和耕地占用税等完税凭证的，应将有关情况及时通知财税部门。